齐的被讨给郭秉文带来了厄运。本来郭秉文是一个历来主张教育独立，不愿过问政治的人。但你不愿过问政治，并不等于政治也不过问你。作为国立的东南大学，预算经费的2/3是由江苏省承担的，郭秉文不能不与齐燮元搞好关系，而齐燮元也确实给过郭秉文以支持。这样，郭与齐的交往在党争的有色眼镜中就变成了对直系军阀的依附，段祺瑞的北京政府正欲清除异己，遂于1月6日的国务会议上匆匆通过了免除郭秉文东南大学校长的决议。当天，教育部便下发了第一号训令，并于次日在报上公布。如此急不可耐地免除一位大学校长之职，在当时的民国还没有先例。

郭秉文看到这一消息，遂取消返宁计划，给教育部和东大各拍了一封电报，没有说什么抱怨的话，只叮嘱校方维持学校的正常运转，并希望教育部速让新校长胡敦复到任，以免“学校停顿，学子失学”。

但东南大学这边却已是群情哗然。东大学生自治会当即发表全体学生宣言，对免郭表示强烈反对；东大部分教师也以全体教职员名义致电教育部；东大行政委员会则立即致电黄炎培、蒋梦麟诸校董，要他们出面维持。

社会上的许多知名人士也对免郭持反对意见。曾任苏州省立第一师范学校校长的王朝阳在致电教育界时慷慨陈词：“ 东大郭校长，无端免职，实骇听闻。从此学界亦将卷入政党倾轧潮流。”“敢告全国，共抒正论，为学界留一线人格，为教育界延一缕生机。”当时已辞去东南大学教职的陶行知更点明：这是国民党“实行党化教育之先声”。

在强大的舆论压力下，教育部钦点的新校长胡敦复一再表示不就东大之职。

2月1日，东大校董会再次举行会议，决议否认教育部易长之令，请郭秉文照旧任职，先请赴国外考察教育。由东大校董会和商大委员会组成临时委员会，协助两校行政委员会维持校务。23日，郭秉文以受校董会委托名义，赴美考察教育。

但郭秉文的怆然离去并未让风波稍事平息。3月9日，本来声称不来就职的胡敦复突然来到东大，径至校长室，令文牍员交出学校印章。正在上课的学生闻讯赶来，愤怒之下，有的同学对胡拳脚相加。3月11日，教育部训令取消东大校董会，19日，东大教授召开紧急校务会议，致电执政府，退回教育部训令。

4月18日，北京政府仍决定由胡敦复简任校长，东大风潮再起。胡则要求江苏省政府派卫队保护，进驻东大，但遭到拒绝。东大学生闻讯则紧闭校门。5月5日，陈逸凡等48名教授声明，坚决拒胡。胡敦复进不了校园，只好打口水战，数次在报端发布公告，表示要接管东大；东大校务委员会则针锋相对，也刊登广告，否认胡为东大校长。

如此这般，易长风波断断续续一直持续了差不多一年才逐渐平息，尽管郭秉文最终没有回到东大，但胡敦复也未能进入东大。1926年1月7日，东大师生为此举行校耻周年纪念大会，在会上，陈逸凡教授慷慨陈词：“东大人不受武人政客利用，东大人不做武人政客傀儡，此足可引为自豪者”！

尾声

自1925年1月郭秉文被段祺瑞临时执政教育部免去校长职务后，东大校长频频更迭,但均未正式履职，直至19 26年校长一职实际上仍是空缺。此后的国立东南大学进入动荡时期，在易长风潮中，东南大学失去的不仅是一位校长，也失去了一批著名教授。如心理学系主任陆志韦去了燕京大学，东大行政委员会副主任任鸿隽去了四川大学、地学系主任竺可桢去了浙江大学。东南大学的实力遭到了严重的削弱，直至1932年罗家伦出任校长才逐步恢复元气。

离开东南大学后的郭秉文并未放弃对教育的热爱。1926年，在美国庆祝建国150周年时，他在美国费城组织了中国五千年教育文化发展的图片展览。晚年定居美国的郭秉文在1958年创办了中美文化教育协会，虽在暮年，“未尝以优游林泉，而自寻暇逸也”，他仍在为教育事业忙碌。1969年，郭秉文逝世于美国。