在数据来源上，基金论文比、总被引频次、影响因子、web即年下载率这4个评价指标的数据主要来自清华同方《中国学术期刊引证报告》与《万方学术期刊引证报告》这两个第三方评价机构的公开出版物。清华同方与万方数据库均有的数据，则取两者中的最大值；若任一数据库中数据空缺，则取其中之一。如影响因子这项指标，清华同方与万方数据库均提供数据，则本次评价中期刊的影响因子数值就采用两个数据库中数值较大的那一个。又如web下载率这项指标来自清华同方数据库，则本次评价中web下载率数据就采用清华同方数据库。社会科学类期刊二次文献被《新华文摘》、《中国社会科学文摘》、《人大报刊复印资料》收录的数据通过这3个文摘刊物的网络版获得，而自然科学类期刊被国外重要数据库收录的信息主要通过检索以上数据库获得。